Se è per locazione, e sulla locazione è indicato come deposito allora l'APE non è necessario. Bisogna poi vedere se quando si va a registrare il contratto qualcuno non abbia delle storie sul perchè manca l'APE, o perchè un D7 venga affittato come deposito.
Ad esempio, in caso di compravendita un notaio secondo me potrebbe avere da obiettare e pretendere l'APE a prescindere, oppure una dichiarazione di un tecnico che dica che questo tipo di edificio è escluso dall'obbligo di certificazione energetica perchè bla bla bla..., ma non so come funziona nel caso degli affitti...

Nel dubbio potresti fargli una dichiarazione in cui scrivi che ai sensi del DM... risultano esclusi :
gli edifici industriali e artigianali, quando gli ambienti sono climatizzati per esigenze del processo produttivo o utilizzando reflui energetici del processo produttivo non altrimenti utilizzabili o sfruttando gli apporti energetici gratuiti generati dal processo produttivo,
ovvero quando il loro utilizzo e/o le attività svolte al loro interno non ne prevedano la climatizzazione invernale o estiva