Concordo che essendo un intervento di tipo condominiale (perchè il tetto è una parte comune), hanno tutti diritto, anche quelli del piano terra.
In genere quando è capitato a me ho sempre fatto una sola pratica (intestata a uno solo dei condomini, barrando "sì" alla casella apposita per conto di altri). Che poi sarebbe la stessa cosa di intestarlo a un fantomatico condominio "minimo" (che non ha partita IVA, ma non ha neanche una ragione sociale in effetti, quindi dovresti scrivere condominio "via tal dei tali n.civico", ma poi non hai attinenza con le fatture....). Poi se la sbrigano loro per quanto riguarda la suddivisione delle spese e delle detrazioni, perchè non credo che esisterà una contabilità del condominio....
In alternativa potrebbe essere un'idea fare pratiche separate, in tal caso però va scritto 0 come risparmio negli appartamenti che non stanno all'ultimo piano, e non credo sia possibile mettere 0 (si potrebbe al limite mettere 1...

). Non credo che questo pregiudichi il diritto alla detrazione, essendo ovvio che il tetto ce l'hanno solo quelli dell'ultimo piano.
In questo caso la comodità è che inserisci per ognuno li propri importi e quindi ognuno è a posto a livello contabile (purchè le fatture siano intestate alle varie persone, perchè se c'è una fattura unica, siamo al punto di partenza). Va comunque specificato che si tratta di una parte comune, credo si possa barrare correttamente le caselle apposite anche se fai più pratiche.
Devi poi fare singoli APE.