Nel caso di acquisto di un edificio accatastato come collabente F/2, è obbligatorio comunque l'APE?

Secondo me no.
Anche se la cosa potrebbe essere interpretabile, nel senso che da definizioni vengono esclusi ad esempio gli edifici che non sono classificabili tra le categorie del DPR 412 e il cui utilizzo standard non prevede l'utilizzo di impianti.... ora, un edificio collabente, accatastato come F/2 in realtà non può essere classificato in nessuna categoria, anche se prima aveva una certa destinazione d'uso.
Ad esempio una casa che prima era accatastata A/1 o A/2, sarebbe stato necessario l'APE a prescindere che fosse o meno dotata di impianti, in quanto abitazione (E.1 ai sensi del DPR 412), ma una volta che diventa un rudere e viene accatastata come F/2 ritengo sia del tutto indifferente che destinazione d'uso avesse prima, quindi a prescindere che fosse A/1 o C/2 (magazzino) ad oggi io la escluderei dall'obbligo di APE.
Bisogna vedere se il notaio è d'accordo con questa interpretazione....
Lo stesso vale per gli edifici in corso di costruzione F/3: mi è capitato una volta che il notaio volesse l'APE, altre volte invece no.

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quindi se l'edificio è accatastato come A/4 ma di fatto è un rudere, bisogna per forza fare l'APE?

Chiaro se invece è già in F/2

Sì se A/4 secondo me è necessario l'APE, a meno che non venga prima accatastato come F/2....
Perchè finchè rimane A4 al notaio non frega nulla che l'edificio sia fatiscente o meno: è abitazione, quindi necessita di APE.
Ovvio che poi entrano in ballo altre questioni, al di là della semplice volontà o meno di fare un APE: se l'edificio deve essere venduto forse non ha senso (per il venditore) accatastarlo come collabente, la cosa influisce sul prezzo. Ha senso se l'edificio è davvero mezzo crollato, oppure nel caso in cui non si vende e per pagare meno tasse viene accatastato in F/2....

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ok grazie