La questione non è se è opinabile o meno dal Genio Civile ma se è o meno un intervento locale che non danneggia l'esistente.
Parli di pilastri in muratura, ossia di elementi assolutamente scarsi, e tu ci vuoi andare ad attaccare un soppalco sostenendo aprioristicamente che è un intervento locale.
Attualmente quei pilastri in muratura sono verificati?
Per definire se è locale o meno un intervento così delicato come dimezzare la luce libera di due pilastri in muratura, a cui attacchi di fatto un nuovo piano che malauguratamente potrebbe fungere da puntone in mezzeria durante il sisma o forse migliorarne il comportamento legando meglio le strutture: dovrai sicuramente fare un modello più ampio.
Magari potresti prevedere di portare il piedritto d'acciaio attaccato al pilastro di muratura da terra al soffitto anziché fermarti a alla quota del soppalco.
Inoltre potresti prevedere la fasciatura del pilastro in muratura con rete in fibra di vetro e intonaco.
Per capire se i tuoi interventi non variano il comportamento nei confronti dell'edificio devi vedere come sono le altre strutture portanti (ci sono pareti grandi che portano da sole il sisma? o è una edificio storico che sta su praticamente per miracolo su una serie di pilastri di muratura? quanto è grande l'edificio , quanti piani ecc...), se i solai sono rigidi nel proprio piano o deformabili, ...
Per dimostrare globalmente che per carichi sismici l'intervento è sicuro potresti fare un modellino e farlo girare sul software.
Per fare qualche verifica locale quasi manuale potresti vedere cosa succede ad un'asta in muratura (quindi non resistente a trazione) compressa con l'aggiunta del carico orizzontale trasmesso dal soppalco, considerato come fosse un elemento secondario o non strutturale (la formula da adattare al caso la trovi sulle NTC2018 §7.2.3+§7.8.5.1.2 o sull'EC8 §4.3.5).
Esempio di collasso di pilastro in muratura sostenente una tettoia a causa di un carico orizzontale in mezzeria
https://youtu.be/9OA5z_jlRLY?t=15